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Costruita nei pressi del Tempio del Sole, è stata edificata nel X secolo, sul luogo del martirio di San Sebastiano, morto trafitto dalle frecce sulle scale del tempio.
Con papa Urbano VIII la chiesa è restaurata dalla mano di Luigi Arrigucci. La chiesa all'interno presentava numerosi affreschi di San Sebastiano e Cristo, perduti con il restauro, ad eccezione degli affreschi nell'abside.